Usai seluruh pertandingan fase grup selesai dimainkan, kompetisi akan berlanjut ke babak semifinal. Empat tim yang lolos terdiri atas juara Grup A, juara Grup B, juara Grup C, serta satu tim peringkat ketiga terbaik dari seluruh grup.
Pada babak semifinal, pertandingan akan menggunakan sistem gugur. Tim yang berhasil meraih kemenangan akan melaju ke partai final untuk memperebutkan gelar juara Piala Soeratin U-13 NTT 2026, sedangkan tim yang kalah di semifinal akan bertanding memperebutkan posisi ketiga apabila dijadwalkan oleh panitia.
Ketua PSSI NTT, P. Christian Mboeik melalui Sekretaris Jenderal (Sekjen) PSSI NTT, Abdul Muis, menegaskan,pelaksanaan kompetisi tahun ini tetap mengedepankan prinsip efisiensi tanpa mengurangi kualitas penyelenggaraan maupun semangat pembinaan sepak bola usia muda di NTT.
Menurut Abdul Muis, regulasi pertandingan pada Piala Soeratin U-13 dan U-15 tahun ini tidak mengalami perubahan yang signifikan. Seluruh peserta diminta memahami aturan yang telah ditetapkan agar pelaksanaan kompetisi berjalan tertib, lancar, dan menjunjung tinggi nilai sportivitas.
